按照《人力资源和社会保障部财政部关于城镇企业职工基本养老保险关系转移接续暂行办法》（国办发〔2009〕66号）的规定，跨地区流动就业人员在各地的参保缴费年限合并计算，个人账户储存额累计计算。因此，该工程师在北京和上海两地的缴费年限应合并计算为40年，两地的个人账户储存额也累计计算。据此可以计算出他每月应领取的基本养老金水平，而不会因为流动就业导致缴费年限不能计算的问题。

解读：按照《人力资源和社会保障部财政部关于城镇企业职工基本养老保险关系转移接续暂行办法》（国办发〔2009〕66号）规定。